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El gobierno de la Universidad es ejercido, principalmente por el Rector, el Consejo Administrativo, el Consejo Académico, los Vicerrectores, los Decanos y los Directores de Escuelas y Departamentos.

Rectoría

El Rector es el funcionario de mayor jerarquía de la Universidad, a la que representa en todo cuanto concierne a su vida institucional, académica y administrativa. Es elegido por la Fundación Universitaria Inc., por un período de dos años, prorrogables indefinidamente. Le corresponde ejercer las funciones ejecutivas de la Universidad y, en virtud, deberá cumplir y hacer cumplir las disposiciones contenidas en los Estatutos Generales, los reglamentos y las resoluciones aprobadas por la FUD, por el Consejo Administrativo y por el Consejo Académico.

De manera general, al Rector le corresponde realizar, por sí mismo o, cuando así se autorice, mediante delegación acordada a los funcionarios correspondientes, todas las actividades administrativas que son inherentes y que resultan indispensables al funcionamiento de la Universidad.

Consejo Administrativo

El Consejo Administrativo es un organismo que está integrado por el Presidente de la FUD, quien lo presidirá, varios miembros elegidos por la FUD y el Rector de la Universidad. Tiene a su cargo, primordialmente, la aprobación del proyecto de presupuesto anual de gastos de la Universidad y la coordinación del funcionamiento de las diversas unidades administrativas. Además, prestará al Rector el asesoramiento que éste le demandare sobre todos los asuntos que considere oportuno.

Consejo Académico

El Consejo Académico es un organismo que está integrado por el Rector, quien lo presidirá, por los Vicerrectores y por los Decanos en funciones de las distintas facultades y de los servicios que lo requieran. Tiene a su cargo, primordialmente, la aprobación de los reglamentos de la Universidad, y la coordinación del funcionamiento de las diversas unidades académicas y de los diferentes planes de estudios. Además, prestará al Rector el asesoramiento que éste le demandare sobre todos los asuntos que considere oportuno.

Vicerrectoría Académica

La Vicerrectoría Académica es una unidad de carácter académico-administrativo, servida por un miembro del personal docente. Sus funciones son esencialmente, de coordinación; por tanto, es un organismo de asistencia directa al Rector y está bajo su subordinación inmediata. Su responsabilidad principal es la de velar por el efectivo cumplimiento de las políticas y reglamentaciones académicas de la Universidad, así como por la planificación de su desarrollo. Entre sus funciones principales se encuentra, por consiguiente, la de supervisar el cumplimiento de todas las que sean relativas a la admisión, transferencia y evaluación de estudiantes; las que se refieren a la selección, designación y evaluación, promoción y cesantía del personal docente; también deberá supervisar el cumplimiento de las disposiciones tendientes a la elaboración, modificación u evaluación de programas, seminarios y otras actividades académicas destinadas a satisfacer la docencia y, de manera general, velará porque las actividades académicas de la Universidad se ajusten a los principios de la organización y a la filosofía académica establecidos en los Estatutos Generales y en las demás disposiciones reglamentarias vigentes.

Vicerrectoría de Postgrado, Investigación y Desarrollo

Esta Vicerrectoría es una unidad de carácter académico-administrativo, servida por un miembro del personal docente. Sus funciones son esencialmente, de coordinación; por tanto, es un organismo de asistencia directa al Rector y está bajo su subordinación inmediata. Su responsabilidad principal es la de velar por el efectivo cumplimiento de las políticas y reglamentaciones académicas de la Universidad, así como por la planificación de su desarrollo. Entre sus funciones principales se encuentra, por consiguiente, la de supervisar el cumplimiento de las disposiciones tendientes a la elaboración, modificación u evaluación de programas, seminarios y otras actividades académicas destinadas a satisfacer la docencia de postgrado, la investigación y la extensión universitaria.

Vicerrectoría de Gestión

La Vicerrectoría de Gestión está dirigida por un miembro del personal docente de la Universidad. Constituye una unidad cuya función esencial es de asistencia y asesoría directa al Rector en todos aquellos asuntos que se relacionen con la definición y ejecución de los planes de desarrollo físico y económico de la Universidad y establece los mecanismos necesarios para garantizar la institucionalización del proceso de planificación, así como la eficiencia operacional en los planes de desarrollo de la Universidad.
A esta Vicerrectoría, por otra parte, le compete presentar a la Rectoría diversos planes de desarrollo de la Universidad que propendan a un crecimiento sostenido y equilibrado. Interviene en todas las deliberaciones y diligencias necesarias para el establecimiento o modificación de las políticas y reglamentaciones relacionadas con el desarrollo institucional, en las relaciones inter-institucionales, y con la comunidad en general, que coadyuven al financiamiento y apoyo de los diversos planes de crecimiento. Así mismo, esta Vicerrectoría está encargada del proceso de mantenimiento de las instalaciones físicas de la Universidad, así como de todos aquellos proyectos de construcción y equipamiento concernientes a la ampliación y mejoramiento de todas las facilidades físicas de la Institución.

Decanos

Los Decanos son, básicamente, miembros del personal docente, cuya misión consiste en encabezar las diversas Facultades existentes. En algunos casos especiales, se encarga a los Decanos aquellas actividades y servicios cuya importancia reclama ese nivel jerárquico de dirección. Por otra parte, los Decanos, además de actuar como miembros integrantes del Consejo Académico, son delegados del Rector en sus respectivas Facultades y servicios; en tal virtud, ejercen las funciones de representación y de coordinación correspondientes. Deberán cumplir, además, todas las atribuciones que les asigne el Rector.
La Universidad cuenta con los siguientes decanos: Decano de Arquitectura y Artes; Decano de Ciencias; Decano de Ciencias Económicas y Sociales; Decano de Ciencias de la Salud; Decano de Ciencias Agropecuarias y Recursos Naturales; Decano de Humanidades y Educación; Decano de Ingeniería y Tecnología; Decano de Ciencias Jurídicas y Políticas, Decano de Estudios de Post-Grado y Decano de Estudiantes.

Directores de Escuelas y Departamentos

Son miembros del personal docente, nombrados por el Rector. Ejercen funciones ejecutivas.
Los Directores son delegados de los Decanos y del Rector. Les corresponden principalmente, las siguientes funciones:

• Presidir las sesiones del Comité Académico
• Mantener informado al Decano y al Rector de las actividades de su unidad y presentarle las sugerencias que consideren oportunas para el mejoramiento de las mismas.
• Impulsar y supervisar todas las actividades de su unidad.
• Recibir las exposiciones y solicitudes de los estudiantes, propios de la unidad bajo su dirección, de acuerdo con las reglamentaciones.